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茶叶多组学综合数据库发布

admin

8 月 9, 2023

记者7日从云南农业大学获悉,该校盛军教授团队近期成功发布茶叶多组学综合数据库,为山茶属遗传育种提供了重要的数据支撑和检索分析平台。植物科学领域期刊《植物通讯》发表了相关研究成果。

茶被世界卫生组织推荐为六大健康饮料之首,全世界有超过20亿人饮茶。近年来,随着基因组学技术广泛应用,山茶属多组学数据迅猛增长,为茶叶生物学研究带来新机遇和多组学数据整合和利用的新挑战,建立一个综合性数据库支持茶叶基因研究势在必行。盛军团队长期致力于茶叶基因组、功效成分及功能机理研究,搜集并整合了山茶属多个参考基因组、重测序、转录组等组学数据,并将这些数据整合为8个基础模块,共收集265个种以及714个品种的分类信息,可满足人们对山茶属生物资源信息的了解。

团队中的云南农业大学教授董扬、博士研究生李旭真还提供了包括泛基因组、临沧茶树重测序与土壤宏基因组测序数据三项独立研究,构建并发布了山茶属多组学数据库——Teabase。此外,盛军团队还开发了引物设计、基因组浏览器、基因表达查看等一系列实用分析工具,满足研究学者对基因、变异位点、基因表达等信息的检索、分析、整合以及下载等需求。

据悉,这是世界上首个综合茶叶多组学数据库,收录了大量茶叶相关的多组学数据,一半以上数据为首次发表,包括12个参考基因组和一份泛基因组组装、100份转录组,705份全球茶叶种质资源的遗传信息、1350份云南临沧产区古树茶重测序及对应的448份宏基因组测序数据,上亿条变异数据,为茶叶基础研究和遗传育种提供了重要的数据和平台支持,标志着我国茶叶基因组研究迈向新阶段。(赵汉斌)